Program unggulan SD Muhammadiyah 5 Muncar dirancang untuk membentuk peserta didik yang tidak hanya cerdas secara akademik, tetapi juga memiliki landasan spiritual dan moral yang kuat. Tiga pilar utama dalam program ini meliputi:

1. Tahfidz dan Tahsin Al-Qur’an
   Peserta didik dibimbing untuk menghafal Al-Qur’an dengan tartil dan fasih sesuai kaidah tajwid. Program ini bertujuan untuk menanamkan kecintaan terhadap Al-Qur’an sejak dini serta meningkatkan pemahaman dan pengamalan nilai-nilainya dalam kehidupan sehari-hari.
2. Pembiasaan ibadah wajib dan sunnah setiap hari
   Melalui kegiatan harian seperti shalat berjamaah, doa bersama, serta amalan sunnah seperti dhuha dan tahajud, peserta didik dibentuk menjadi pribadi yang disiplin dan istiqamah dalam beribadah.
3. Pembiasaan Akhlakul Karimah Peserta Didik (PAKPD)
   Sekolah menanamkan nilai-nilai akhlak mulia, seperti sopan santun, kejujuran, tanggung jawab, dan kepedulian sosial, agar peserta didik tumbuh menjadi pribadi yang berkarakter unggul dan berkontribusi positif bagi masyarakat.